1.办公室
负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。 内设秘书科、宣传科、政务科（保卫科）、网信科。
2.规划计划处
组织编制流域重大水利综合规划、专业或专项规划，依法依规开展有关评估、评价、审查工作。开展流域重大水利项目前期工作，实施流域内中央水利建设投资计划有关工作。 内设综合科、规划科、区域科、计划科。
3.政策法规处（水政监察总队）
起草流域水利政策法规。组织指导相关水政监察、水行政执法工作，查处水事违法行为。承办水利行政许可、应诉等工作。承担省际水事纠纷调处工作。 内设政策法规科、水政监察科、综合执法科（许可管理科）。
4.财务处
编制预算并组织实施，组织项目实施的监督管理和绩效评价。承担财务管理和资产管理工作。 内设预算管理科、资产管理科、财务管理科、机关财务科。
5.人事处
承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、人才队伍建设等工作。 内设干部科（干部监督科）、综合与劳资科、人才与培训科。
6.水资源管理处
承担实施最严格水资源管理制度相关工作。组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度。组织拟订并实施流域内省际水量分配方案和流域年度水资源调度计划，承担取水许可、水资源论证、水资源调度等工作。 内设取用水管理科、评价与配置科、水量调度科。
7.水资源节约与保护处
组织指导计划用水和节约用水工作。组织实施水资源保护、水生态保护与修复有关工作。承担饮用水水源保护和地下水资源管理保护有关工作。负责或指导水文水资源（含水位、流量、水质等要素）监测工作，组织实施并指导江河湖库和地下水监测，发布水文水资源信息、情报预报以及流域水资源公报。 内设节水管理科、水资源保护科（水文监测管理科）。
8.建设与运行管理处
指导监督水利工程建设与运行管理。负责直管水利工程和基础设施的建设与运行管理。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。参与指导水利工程移民管理和后期扶持有关工作。 内设建设管理科、运行管理科、综合与移民科。
9.河湖管理处
承担水域及其岸线、河口的管理和保护有关工作。承担流域内河湖长制有关工作。承担河道管理范围内建设项目的审查许可及监督管理工作。组织指导监督河道采砂管理有关工作。 内设河湖管理科、水域岸线管理科。
10.水土保持处（农村水利水电处）
协调指导水土保持监督管理工作，承担大中型开发建设项目水土保持方案实施的监督检查。指导监督国家重点水土保持建设项目的实施。指导农村水利及农村水能资源开发、小水电改造等工作。 内设综合科、水保科、农水科。
11.监督处
承担水利部珠江水利委员会安全生产工作及直管水利工程质量和安全监督。指导水库、水电站大坝安全监管和水利工程建设质量安全监督工作。 内设综合监督科、安全监督科、质量监督科。
12.水旱灾害防御处
组织开展水旱灾害防御工作，编制洪水干旱防治规划和防护标准，实施防洪论证制度。承担重要水情旱情监测预警工作和重要水工程联合调度管理。指导监督并按权限负责蓄滞洪区的建设管理工作，承担洪水影响评价工作。承担流域内防汛抗旱协调指导和监督管理工作。 内设综合科、调度科、工程科（蓄滞洪区建管科）、保障科。
13.国际合作与科技处
承担国际合作和外事工作，承办有关国际河流涉外事务。承担技术、科技项目和科技成果的管理工作。 内设国际合作科、科技管理科。
14.审计处
承担内部审计工作。组织有关领导干部任期经济责任审计和项目竣工决算审计等工作。 内设审计一科、审计二科。
机关党委
负责机关及直属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织工作。机关党委设立机关纪委，承担机关及直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。 内设党建科、群团科（工会办公室）、纪委办公室、监督检查室、执纪审查室。
离退休干部处
负责离退休干部工作。 内设综合科、服务科。