调度方案的制定遵循“统筹兼顾、保障供水”的原则，既要保障下游供水安全，又要充分考虑工程安全和电网运行安全，体现上下游整体利益最大化。总体目标是：通过对流域骨干水库水量进行统一调度，统筹安排流域在建大型水库的蓄水，尽量减少对下游的影响，解决澳门及珠江三角洲地区2007-2008年枯水期的供水安全问题，同时改善下游河道和珠江三角洲的水生态环境。