防洪总体目标是在规划期内，建立起符合流域实际情况、满足国民经济发展和人民群众生命财产安全要求的防洪体系，保障经济社会的可持续发展。在发生常遇洪水和较大洪水时，能保障经济发展和社会安定；在遭遇大洪水或特大洪水时，经济活动和社会生活不致发生大的动荡，生态环境不会遭到严重破坏，可持续发展进程不会受到重大干扰。
    近期到2015年，实现防御西江、东江100年一遇、北江100年～300年一遇洪水的目标，使广州市达到防御西江100年一遇、北江300年一遇洪水的标准，中心城区防洪、防潮堤防可抵御200年一遇的内洪和潮水；南宁市达到100年一遇、梧州（河西区）、柳州及其他地级市达到50年一遇的防洪标准；珠江三角洲重点保护区防洪标准达到50年～100年一遇，其他重要保护区达到20年一遇防洪标准，珠江河口重点海堤达到50年～100年一遇标准。
    远期到2025年，使广州市具备防御西、北江1915年型洪水的能力，南宁市达到200年一遇、梧州市河西区及柳州市达到100年一遇、一般地级城市达到50年～100年一遇的防洪标准，珠江三角洲重点保护区的防洪标准达到100年～200年一遇，其他重要保护区达到50年～100年一遇的防洪标准。