珠江流域已建江、海堤防12000多公里，其中保护县级以上城市及保护耕地面积在万亩以上的江、海堤防226宗，总长5261公里，保护总人口2246万人，保护耕地1060万亩；1、2级堤7宗，总长498公里，保护人口874万人，保护耕地258万亩。流域内一般堤防大多能够防御10年一遇左右的洪水，部分重点堤防可防御20年一遇左右的洪水，初步形成了堤防工程为基础的防洪工程体系。同时，流域内已建成大中型水库388座，总库容471亿立米，在综合利用水资源及调蓄洪水方面发挥了巨大的作用。
目前东江已建成以新丰江、枫树坝、白盆珠水库为骨干的堤库结合的防洪工程体系，基本上可抗御100年一遇洪水。东江的堤防工程主要集中在下游及三角洲地区，现有保护县级以上城市及保护耕地面积在万亩以上的堤防744公里，保护人口388万人，保护耕地149万亩，主要堤防一般具备防御20年一遇洪水的能力。三座骨干水库总库容171亿立米，其中防洪库容41.4亿立米；总控制集雨面积1.17万平方公里，占东江下游控制站博罗水文站以上控制面积的46.6%。通过三库联合调度，可将下游控制站——博罗水文站100年一遇洪水削减至20年一遇。
    北江已基本建成由飞来峡水利枢纽为骨干防洪水库，结合北江大堤、江滞洪区和芦苞涌、西南涌分洪而形成北江中下游防洪工程体系。北江的堤防工程主要集中在下游，现有保护县级以上城市及保护耕地面积在万亩以上的堤防415公里，保护人口628万人，保护耕地170万亩，一般堤防具备防御10年一遇洪水的能力，部分重要堤防及县级达20年一遇，其中，北江大堤正按100年一遇设计标准进行培修加固。飞来峡水库控制北江流域面积34097 平方公里，占北江流域面积的73％，总库容19.04亿立米，其中防洪库容13.36亿立米。通过飞来峡水库 “调洪削峰、安全宣泄”的功能，可将北江大堤石角站100年一遇洪水削减为50年一遇洪水、300年一遇洪水削减为100年一遇洪水，为广州市、佛山市、清远市和珠江三角洲提供防洪安全保障。但由于西江防洪体系未建成，西江发生大洪水或发生流域性大洪水时，西江洪水仍能通过思贤滘入侵北江，对北江下游的威胁依然存在。
     西江是珠江主干流，也是珠江防洪的重点和难点，目前尚无控制性的防洪枢纽工程，干流与主要支流的防洪仍以单一的堤防为主，干堤主要集中在南盘江中上游、郁江中下游、浔江和西江两岸，现有保护县级以上城市及保护耕地面积在万亩以上的堤防905公里，保护人口520万人，保护耕地253万亩。现有堤防多数为10年一遇左右，部分重要堤防及县级堤段达20年一遇，国家级重点防洪城市南宁、柳州、梧州的整体防洪能力均未达到50年一遇标准。西江现已建成大型水库24座，总库容146亿立米，其中调洪库容57亿立米；中型水库212座，总库容59亿立米。但这些大中型水库主要分布在上、中游支流上，干流未兴建调蓄流域性洪水的控制性水利枢纽，防洪任务仍十分艰巨。龙滩水电站于2001年开工建设，一期工程防洪库容50亿立米，二期工程防洪库容70亿立米，一期工程将于2009年完成；百色水利枢纽亦于2001年10月开工建设，由珠江水利委员会代水利部控股建设，计划于2006年建成投产；大藤峡水利枢纽的前期工作正在进行之中。
     西北江三角洲是流域内堤防标准最高的地区，现有保护县级以上城市及保护耕地面积在万亩以上的堤围3196公里，保护人口998万人，保护耕地498万亩，主要堤围的防洪（潮）能力约为20年一遇，其中佛山大堤、樵桑联围、中顺大围、江新联围等重点堤围的防洪能力为20年~50年一遇。