1、西江干流缺乏防洪控制性工程
    珠江防洪的突出问题是干流西江尚未建成流域控制性防洪工程，这也是西江中下游及西北江三角洲防洪形势长期处于紧张状况的主要原因，在2005年抵御“05.6”特大洪水中，再次暴露出问题的严重性，由于西江无控制性防洪工程，缺乏调控大洪水的手段，只能依靠单一的堤防抵御洪水，且沿江堤防堤线长、标准低、基础差、隐患多，造成险情频出。

    2、病险水库多，堤防标准低，尤其是中小水库和中小河流问题更加突出
    珠江已建大型水库（含水电站）84座，中型水库654座，小型水库14400余座，由于经过几十年的运行和历史原因，加上部分地区经济落后，有相当部分的病险水库还没有进行除险加固，带病运行，存在安全隐患，特别是小型水库，问题更加严重。珠江中小河流密集，堤防标准低，许多河流甚至没有堤防，完全不设防，造成防汛抢险的难度很大。

    3、非工程措施落后
    珠江的非工程措施还很不完善，而且远远落后于其他流域机构。目前流域机构与各省之间未建立防汛异地视频会商通道，流域防汛指挥决策系统尚未建成，流域防汛信息共享机制和手段尚未建立，流域防汛抗洪信息不灵，工作缺乏有效的会商和决策手段，水情测报能力还有待提高。

    4、缺乏全流域统一的调度管理
    虽然西江尚无控制性防洪水库，但目前西江流域已建大型水库33座，中型水库200多座，北江已建成飞来峡，东江已建成新丰江、枫树坝等，如何充分发挥这些已建水库的拦洪、削峰、错峰作用，以缓解中下游防洪的被动局面，是珠江流域防洪必须面对的问题。因此，建立起流域统一调度机制，加强全流域防洪统一调度、水资源的统一配置和管理，是非常必要的，也是极为紧迫的。

    5、抗旱形势越发严峻
    珠江虽然水量较充沛，但由于时空分布不均和水污染，工程性缺水和水质性缺水问题日益严重。近几年来，珠江连续出现干旱，局部地区旱情相当严重，甚至出现了人畜饮水困难；同时珠江三角洲受咸潮影响严重，珠海、澳门供水在一般年份都会受到威胁。目前抗旱的突出问题主要体现在抗旱经验和准备不足，手段比较单一，各地抗旱措施和机械比较少。