目前，流域内的已建堤防一般能够防御10年一遇左右的洪水，部分重点堤防可防御20年～50年一遇的洪水，初步形成了以堤防工程为基础的防洪工程体系。其中，西江水系主要依靠堤防防洪，现有堤防的防洪能力多为10年一遇左右，部分重要堤防及县城堤段可防御20年一遇左右的洪水，国家重点防洪城市南宁、柳州及梧州的整体防洪能力均未达到50年一遇的标准。北江中下游除北江大堤的防洪能力约为50年一遇外，一般堤防的防洪能力仅在10年～20年一遇，随着飞来峡水利枢纽的建成，北江中下游已初步形成由北江大堤、飞来峡水利枢纽、潖江滞洪区、芦苞涌和西南涌分洪水道所组成的堤、库、滞、分相结合的防洪工程体系，广州及北江下游三角洲部分重点堤围可抵御北江200年一遇的洪水。同受两江洪水威胁的西、北江三角洲也以堤防防洪为主，主要堤围的防洪（潮）能力约为20年一遇，其中，佛山大堤、樵桑联围、中顺大围、江新联围等重点堤围的防洪能力约为20年～50年一遇。东江下游及三角洲的防洪工程体系较为完善，经上游的新丰江、枫树坝和白盆珠水库三库联合调度，可将下游防洪控制断面100年一遇的洪水削减为20年～30年一遇，但由于下游及三角洲堤防多未达标，东莞、惠州等重要城市的防洪标准也未达到100年一遇的规划目标。
云南省内的7大高原湖泊是当地农业生产的主要水源，但湖泊地区的堤系不完整，防洪排涝条件较差，淹蓄矛盾尖锐。
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