汛前据水文、气象部门预测，今年珠江流域总体上平水偏枯，西江、北江、东江均可能出现中等程度的洪水，发生流域大洪水的可能性不能排除，局部暴雨山洪和台风灾害威胁更大，防汛形势依然严峻。
2005年汛末至2006年3月，珠江流域大部分地区降雨总量较常年偏少3～5成，粤东地区偏少5成以上， 2005年9～11月，广西、广东两省大部分地区连续3个月降雨偏少8～9成。由于降雨长时间持续严重偏少，珠江主要江河出现江河水低、水库蓄水严重不足，影响农业生产，危及人民群众饮水安全，这是珠江流域自2002年以来，连续4年出现大范围干旱。
到4月份，流域出现两次较明显降雨过程，4月份流域面平均降水量为85.7mm，其中西江为59.3mm，北江为130.2mm，东江为163.2mm，三角洲为95.6mm，韩江为163.9mm，粤东西、桂南沿海为48.2mm，海南岛诸河为98.8mm。降雨有效地缓解了流域旱情。
5月中旬，受台风“珍珠”影响，粤东和韩江流域普降暴雨到大暴雨；下旬以来，受冷暖空气共同影响，珠江流域出现了以持续暴雨和大暴雨为主的强降雨天气，局部地区出现特大暴雨并有短时雷雨大风等强对流天气。20日8时至29日8时珠江流域降水东多西少，西部地区大多在50～100mm，东部地区在100～400mm，其中西、北下游、东江的中下游、珠江三角洲及粤西沿海等地区降水在200～400mm，河源－广州－佛山－江门－深圳－汕尾一带是本次暴雨中心，降水量都在300～400mm以上，最大点雨量显岗水库624mm。400mm以上降水有6站次，300～400mm降水有9站次，200～300mm以上降水有31站次。受高空槽东移和低涡切变东移南压影响，5月30日至6月1日，韩江支流汀江普降暴雨，强降雨致使韩江发生近十年一遇洪水。
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