按照今年汛前成立珠江防总的总体目标，水利部珠江水利委员会（以下简称珠江委）于2005年4月开始了筹建指挥部的相关工作。5月成立了“珠江防汛抗旱总指挥部”筹备小组，全面组织和开展各项筹建工作，派出调研组赴松花江、淮河和黄河等流域防总进行调研，了解其他流域防总的机构组成以及成立时的筹备工作和运作情况。
根据珠江的实际情况，去年七月初珠江委组织人员编写完成《珠江防汛抗旱总指挥部组成与职责》、《珠江防汛抗旱总指挥部工作规程》、《珠江防汛抗旱总指挥部办公室职责》和《珠江防总三个文件编制说明》等文件初稿。八月初在广西桂林召开的第二届“泛珠三角”区域水利发展协作会议上，流域各省（自治区）就尽快成立“珠江防汛抗旱总指挥部”达成共识并形成了会议纪要。
根据国家防办和各省（自治区）对珠江防总相关文件的反馈意见，珠江委对相关文件进行修改。2005年9月26日在广东清远组织召开了各成员单位参加的珠江防总筹备工作会议，听取了珠江委关于珠江防汛抗旱总指挥部筹备工作情况及有关材料介绍，共同研讨修改了珠江防总相关文件，商讨了下一步工作计划安排。会议最后形成纪要，一致认为，成立珠江防总很有必要，并同意尽快联合行文向国家防总上报成立珠江防总。
2005年9月底珠江委以《关于成立珠江防汛抗旱总指挥部的报告》（珠水防汛〔2005〕12号）向相关各省（自治区）人民政府汇报了珠江防总筹备工作情况。12月，我委将珠江防总筹备的有关情况向国家防总汇报，国家防总基本同意珠江防总机构组成方案。
2006年4月18日水利部部长汪恕诚给回良玉副总理上报《关于成立珠江防汛抗旱总指挥部的请示》，回副总理表示同意，并呈温总理圈阅。6月22日广西、云南、贵州、云南、福建、广东省（自治区）人民政府和水利部珠江水利委员会正式向国家防总联合行文，申请成立珠江防汛抗旱总指挥部，6月23日国家防总正式批准成立珠江防汛抗旱指挥部。
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