1、办公室
协助委领导对委机关工作进行综合协调，组织机关日常工作；承办委机关文秘档案、保密保卫、重大会议组织、宣传信息和信访管理工作；负责委机关内部规章制度建设；归口外事管理工作，协助部办理国际河流的有关涉外事务；承担机关财务管理工作。
2、规划计划处
组织编制流域综合规划及有关的专业或专项规划并负责监督实施；组织开展具有流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的前期工作；按照授权，对地方大中型水利项目的前期工作进行技术审查；编制和下达流域内中央水利项目的年度投资计划；归口管理科学技术工作。
3、水政水资源处（水政监察总队）
负责《水法》等有关法律法规的实施和监督检查，拟订流域性的水利政策法规；负责职权范围内的水行政执法、水政监察、水行政复议工作，查处水事违法行为；负责省际水事纠纷的调处工作。负责组织流域水资源调查评价；组织拟订流域内省际水量分配方案和年度调度计划以及旱情紧急情况下的水量调度预案，实施水量统一调度。组织或指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作；在授权范围内组织实施取水许可制度；指导流域内地方节约用水工作；发布流域水资源公报。
4、财务经济处
按照规定或授权负责具有流域控制性的水利工程和跨省(自治区、直辖市)水利工程等中央水利工程的国有资产的运营或监督管理；拟订直管工程的水价电价及其他有关收费项目的立项、调整方案；负责流域内中央水利项目资金的使用、稽察、检查和监督。
5、人事劳动教育处
承办委机关并指导直属单位的人事管理、劳动工资和社会保险工作；负责机构编制管理；承办直属单位的委管干部的管理；组织委管干部及委机关干部的培训，指导直属单位职工教育和职业技能开发工作；负责人事劳动统计工作；对委内安全生产和劳动保护实施监督管理。
6、建设与管理处（水利部水利工程质量监督总站珠江流域分站）
指导流域内河流、湖泊及河口、海岸滩涂的治理和开发；负责授权范围内的河段、河道、堤防、岸线及重要水工程的管理、保护和河道管理范围内建设项目的审查许可；指导流域内水利设施的安全监管。按照规定或授权负责具有流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的建设与管理，组建项目法人；负责对中央投资的水利工程的建设和除险加固进行检查监督，监管水利建筑市场。
7、水土保持处
组织实施流域水土保持生态建设重点区水土流失的预防、监督与治理；组织流域水土保持动态监测；指导流域内地方水土保持生态建设工作。
8、防汛抗旱办公室
组织制定或参与制定流域防御洪水方案并负责监督实施；按照规定和授权对重要的水利工程实施防汛抗旱调度；指导、协调、监督流域防汛抗旱工作；指导、监督流域内蓄滞洪区的管理和运用补偿工作；组织和指导流域内有关重大建设项目的防洪论证工作。
9、监察处
按照国家有关政策和法律、法规，履行监督、惩处、教育和保护职能。对贯彻执行国家法律法规、政策、决议和命令的情况进行监督检查，对违法违纪行为进行调查和处理。受理对监督对象违法违纪行为的检举控告，受理被处分人员的申诉；组织开展廉政教育。
10、审计处（与监察处合署办公）
组织制定各项内部审计规章制度，对投资计划、经费预算、专项资金使用等进行审计监督；对委属单位负责人进行任期（离任）审计；对严重违反财经纪律的问题进行审计。
11、离退休职工管理处
负责委机关离退休职工的管理工作；督促落实离退休职工的政治、生活待遇；对委属单位离退休职工管理和服务工作进行指导和监督。
12、直属机关党委,
宣传贯彻党的路线、方针、政策和上级党组织的决议和指示；负责委机关和直属单位的党建工作；负责精神文明建设工作和思想政治工作；领导机关工会、共青团和妇联工作。中国农林水利工会珠江委员会（与直属机关党委合署办公）负责委内工会工作；组织职工参政议政；维护职工的合法权益；开展群众性文体活动。 |
