1、负责《水法》等有关法律法规的实施和监督检查，拟订流域性的水利政策法规；负责职权范围内的水行政执法、水政监察、水行政复议工作，查处水事违法行为；负责省际水事纠纷的调处工作。
2、组织编制流域综合规划及有关的专业或专项规划并负责监督实施；组织开展具有流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的前期工作；按照授权，对地方大中型水利项目的前期工作进行技术审查；编制和下达流域内中央水利项目的年度投资计划。
3、统一管理流域水资源（包括地表水和地下水）；负责组织流域水资源调查评价；组织拟订流域内省际水量分配方案和年度调度计划以及旱情紧急情况下的水量调度预案，实施水量统一调度；组织或指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作；在授权范围内组织实施取水许可制度；指导流域内地方节约用水工作；组织或协调流域主要河流、河段的水文工作，指导流域内地方水文工作；发布流域水资源公报。
4、根据国务院确定的部门职责分工，负责流域水资源保护工作，组织水功能区的划分和向饮用水水源保护区等水域排污的控制；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责省（自治区、直辖市）界水体、重要水域和直管江河湖库及跨流域调水的水量和水质监测工作。
5、组织制定或参与制定流域防御洪水方案并负责监督实施；按照规定和授权对重要的水利工程实施防汛抗旱调度；指导、协调、监督流域防汛抗旱工作；指导、监督流域内蓄滞洪区的管理和运用补偿工作；组织或指导流域内有关重大建设项目的防洪论证工作；负责流域防汛指挥部办公室的有关工作。
6、指导流域内河流、湖泊及河口、海岸滩涂的治理和开发；负责授权范围内的河段、河道、堤防、岸线及重要水工程的管理、保护和河道管理范围内建设项目的审查许可；指导流域内水利设施的安全监管。按照规定或授权负责具有流域控制性的水利项目、跨省（自治区、直辖市）重要水利项目等中央水利项目的建设与管理，组建项目法人；负责对中央投资的水利工程的建设和除险加固进行检查监督，监管水利建筑市场。
7、组织实施流域水土保持生态建设重点区水土流失的预防、监督与治理；组织流域水土保持动态监测；指导流域内地方水土保持生态建设工作。
8、按照规定或授权负责具有流域控制性的水利工程、跨省(自治区、直辖市)水利工程等中央水利工程的国有资产的运营或监督管理；拟订直管工程的水价电价以及其他有关收费项目的立项、调整方案；负责流域内中央水利项目资金的使用、稽察、检查和监督。
9、承办水利部交办的其他事项。
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